Setelah penghentian realitas virtual yang sangat populer, MMORPG “The World,” versi baru gim — The World R: 2 — dibawa online. Pada hari pertama dalam permainan, pendatang baru Haseo berpikir dia telah membuat beberapa teman untuk diajak berburu. Namun, seakan mengejek sentimennya, mereka membunuh karakternya hanya untuk bersenang-senang. Untungnya, dia diselamatkan oleh pemain misterius satu tangan bernama Ovan yang menawarkan untuk menunjukkan kepadanya di seluruh Dunia.
Bersama Ovan dan teman ulamanya Shino, Haseo menikmati tahun pertama yang indah dalam permainan. Tapi kehidupan yang damai ini hancur ketika karakter Shino terbunuh oleh seorang tokoh yang dikenal dikenal sebagai Tri-Edge, yang semua korbannya telah jatuh ke dalam koma di dunia nyata. Dalam kemarahan, Haseo bersumpah untuk menemukan Tri-Edge yang sulit dipahami dan membunuhnya.
Berlangsung selama tahun pertama Haseo di Dunia, .hack // Roots mengeksplorasi persahabatan yang dibangun Haseo dalam game sebelum Tri-Edge merenggutnya.
